Локальный мониторинг на реперных участках, заложенных на сельскохозяйственных угодьях, представляет собой систему наблюдений за состоянием пашни для своевременного выявления и прогнозирования изменений плодородия почвы, качества и количества продукции растениеводства, предупреждения и устранения негативных процессов, происходящих в окружающей среде под воздействием природных и антропогенных факторов. В отличие от воды и атмосферного воздуха, которые являются миграционными средами, почва представляет собой наиболее объективный и стабильный индикатор антропогенного изменения экосистемы. Мониторинг на реперных участках обеспечивается комплексностью изучения и непрерывностью исследований во времени. В 1995 г. были заложены реперные участки, которые исследуются по настоящее время. Всего на территории Башкирии 27 реперных участков. На участках осуществляется ежегодный агроэкологический мониторинг специалистами ФГБУ ЦАС «Башкирский» за состоянием земель сельскохозяйственного назначения. Почвенные образцы были проанализированы на содержание гумуса, доступных форм макро-и микроэлементов, тяжелых металлов, радионуклидов. В растительных образцах определяли химический состав основной и побочной продукции, содержание тяжелых металлов в возделываемой культуре. Отбор образцов и анализы осуществляли согласно ГОСТам и методическим указаниям по проведению локального мониторинга на реперных участках.
На реперном участке Чекмагушевского района в ходе мониторинга почв выявлено, что содержание гумуса уменьшилось на 0,2-0,3% (2002-2015 г). Снижение содержания гумуса, особенно в черноземе выщелоченном, связано с тем, что, во-первых, приход свежих органических веществ в севообороте не компенсирует его расходы, которые идут на формирование урожая сельскохозяйственных культур; во-вторых, применение отвальной обработки на фоне низких доз удобрений усиливает процессы минерализации гумуса, содержание подвижного фосфора и обменного калия на реперном участке в среднем составляет 112 мг/кг почвы (повышенное) и 133 мг/кг почвы( высокое), рН в основном близкий к нейтральной (5,9). Обеспеченность почвы реперного участка Чекмагушевского района подвижным цинком - низкая, медью, кобальтом - средняя и высокая -марганцем. За годы исследований отмечено, что количество меди снизилось на 0,04, цинка на 0,05, кобальта на 0,40, марганца увеличилось на 7,3 мг/кг почвы соответственно. Обеспеченность почв микроэлементами характерна для всех земель района.
